Сотрудники Пинского погранотряда охраняют почти 25 км водного участка Госграницы. Это озеро Белое в Дрогичинском районе, реки Отнога Стохода, Простырь, Припять в Пинском районе и Горынь в Столинском. Как правило, на реках граница проходит по их фарватеру, правый берег - белорусский, а  левый - украинский.

На вооружении военнослужащих Пинского погранотряда для охраны водной части Госграницы состоят современные жестко-надувные катера, способные развивать скорость до 70 км/ч. Они вмещают пять человек, их грузоподъемность - до полутонны и они позволяют выполнять задачи в тех местах,  куда колесная техника просто не доберется.

Основные задачи пограничников при охране водных участков границы - не допустить незаконного ее пересечения людьми и контрабанду. В 2017 году сотрудники Пинского погранотряда с применением моторных лодок задержали порядка 10 нарушителей пограничного законодательства. Нередко обнаруживают и случаи браконьерства - незаконной ловли в пограничной зоне или полосе. Поэтому погранотряд тесно взаимодействует и с Госинспекцией по охране животного и растительного мира.